¿Separar en qué sentido?

Si te refieres a identificarles con respecto a los colores CMYK, lo mejor es crear una forma y rellenarla del mismo color que uno plano, después vas a selección/mismo/color de relleno.
Si se hace bien se seleccionarán todos los elementos que posean ese color plano como relleno, también puedes colocarle como trazo y también los identifica si vamos a seleccionar/mismo/color de trazo.

Si no va encaminada la pregunta, por favor intenta explicarla un poco más para ayudarte.

Saludos

¿Te refieres a crear un documento con cada color para poder meter en una máquina de más de 1 cuerpo, es decir para imprimir en CMYK + Tintas Planas?

Si es así en la imprenta si tienes el archivo illustrator con todos los colores usados y no los predefinidos se ve en el PDF que haces sin problemas.

Para asegurarte de que sólo salen los colores que deseas te recomiendo que hagas lo que te expliqué arriba con todos los colores de tu trabajo, para evitar "intrusos". Otro consejo es también en la paleta de colores que tienes por defecto ir a las opciones de ésta y darle a "seleccionar colores no usados" para que se eliminen los que tienes predefinidos por el programa y que no utilizas en ese trabajo. Y ya para ser totalmente perfecto en el mismo panel pulsa la opción "añadir colores usados".
Con estas dos opciones te aseguras que tu paleta sólo dispone de los colores que de verdad utlizas en ese trabajo.

Luego cuando hagas el PDF si tienes acrobat profesional puedes ver todas las tintas y también por separado para ver el resultado final y la zona que ocupan.
Para ello cuando tengas acrobat profesional, ojo no es Adobe Reader, dependiendo de la versión se encuentra en diferentes zonas pero el comando que debes buscar se llama previsualización de salida.
Te saldrá un panel con varias medidas y puedes ver las tintas planas solo, las CMYK, todas las tintas, u otros tipos...

Aparte que con ese panel si pasas el ratón por tu trabajo te dice le % de tinta de cada una de las que empleas, con ello te aseguras de que no tienes ningún error en tu trabajo.

Saludos